Kraniomandibulær dysfunksjon diagnostiseres vanligvis på grunnlag av medisinsk historie og fysisk undersøkelse.
Valgfritt diagnostisk medisinsk utstyr - avhengig av resultatene i historien, fysisk undersøkelse, laboratoriediagnostikkog obligatorisk diagnostisk medisinsk utstyr - for differensialdiagnostisk avklaring.
- 3D ryggradsmåling - gir informasjon om anatomiske endringer i rygg og ryggrad uten strålingseksponering. Den fanger innbyrdes forhold mellom ryggraden, bekkenet og ryggen, og gir et nøyaktig bilde av kroppsstatistikken.
- Røntgen undersøkelse av ansiktet (occipitodental image for å vise maksillary sinus/ maxillary sinus og sphenoidal sinus / sphenoidal sinus, samt temporomandibular skjøter og zygomatisk bein).
- Computertomografi (CT) - snittbildebehandling (Røntgen bilder tatt fra forskjellige retninger med datamaskibasert analyse), der hode og hals region kan godt visualiseres.
- Magnetic resonance imaging (MRI) - datamaskinstøttet tverrsnittsbildemetode (ved bruk av magnetfelt, det vil si uten røntgenstråler); spesielt godt egnet for endringer i muskulaturen.