Alvorlig mangel på vitamin B6 er sjelden.
Studier har vist at tiamin er nødvendig for riktig metabolisme og funksjon av vitamin B6. Derfor har alkoholikere som også har mangel på tiamin på grunn av lavt kostinntak, høyeste risiko for å også lide av effekten av vitamin B6-mangel.
Noen studier har dokumentert unormale elektroencefalogrammer (EEG) i vitamin B6-mangel. Andre nevrologiske symptomer som oppstår med alvorlig mangel er irritabilitet, depresjon, og forvirring. Andre symptomer inkluderer glossitt (betennelse i tunge), sår eller sår i munnog rhagades (sprekker og sår) i munnvikene.