Isoflavonoider har en molekylær struktur som ligner steroide østrogen (kvinnelig kjønnshormon) og kalles derfor også fytoøstrogener. Imidlertid er deres hormonelle aktivitet lavere med en faktor på 100 til 1,000 sammenlignet med østrogen dannet i pattedyrorganismen. På grunn av deres kjemisk-strukturelle likhet med kvinnekjønnet hormoner, isoflavoner inntatt med mat kan binde seg til den såkalte østrogenreseptoren type 2 og blokkere den for endogent østrogen. Tilsvarende, isoflavoner hos postmenopausale kvinner med lave endogene østrogennivåer har en mer østrogen effekt, mens isoflavoner hos kvinner før menopausen har en antiøstrogen effekt ved å blokkere østrogenreseptorer.
