Følgende symptomer og klager kan indikere Whipples sykdom:
- Vekttap
- Enteropatisk artritt (oligoartritt / forekomst av leddbetennelse (leddgikt) i færre enn 5 ledd) / spondyloartropati / sacroiliitt (betennelse i sacroiliac joint mellom sakrum og ilium); vanligste første symptom: 18%; kan gå foran tarmsymptomer ("påvirker tarmen") med opptil 10 år!)
- Synovialitt (synovial betennelse).
- Lymfadenopati (lymfe utvidelse av noder).
- Magesmerter (magesmerter)
- Diaré (diaré)
- Fever
- Nevrologisk symptomatologi med hukommelsestap (minne tap), demensblikk lammelse, epilepsi (kramper), gangforstyrrelser, forstyrret søvn-våknerytme, polydipsi (unormalt økt Vann inntak; mer enn 4 liter væskeinntak per dag).
- pleuritt (pleurisy), muligens pleuravæske (unormal opphopning av væske i brysthulen, det vil si mellom den indre veggen av brystet og lungene).
- perikarditt (betennelse i perikard).
- Forstyrrelser i hud uspesifisert pigmentering.
- Anemi (anemi)
- Uveitt - betennelse i mellomøyet hud.