Med morsmelk, patogener kan overføres og forårsake tilsvarende sykdom hos barna, med forskjellige manifestasjoner av sykdomsforløpet. En av de viktigste patogenene i denne sammenhengen er det menneskelige immunsvikt virus (HIV).
HI virus og HIV-1-infisert lymfocytter kan oppdages hos moren melk. En infeksjon av babyen fremmes i tillegg av betennelser og skader i brystvortene, gjennom hvilken smittsom sårsekresjon eller blod kan unnslippe.
Hvis en ubehandlet HIV-positiv mor ammer, blir anslagsvis 10% av barna smittet via morsmelk i det første leveåret. I land med god hygienestandard (industriland), bør disse mødrene ikke amme, og babyene skal mates med erstatning melk formel.
Situasjonen er annerledes i land med dårlige hygienestandarder (utviklingsland). Her dominerer de positive sidene ved amming, slik at WHO (Verden Helse Organisasjon) anbefaler at mødre ammer sine barn til tross for HIV-infeksjon. Antiretroviral terapi skal startes så tidlig som den 14. uken i graviditet og fortsatte til slutten av ammeperioden. Hvis mulig, bør babyen ammes utelukkende de første seks månedene. Risikoen for overføring av HIV etter fødselen er lavest på denne måten. Deretter startes introduksjonen av komplementær mat og amming fortsetter i minst 12 måneder. Ifølge studier er infeksjonsraten høyest ved delvis amming. Fullstendig amming er også assosiert med høyere infeksjonsrisiko hos barnet enn eksklusiv amming. Dette kan skyldes oligosakkaridene som er tilstede i morsmelk. Videre HIV antistoffer har blitt påvist i råmelk (råmelk).